公共衛(wèi)生學(xué)院博士生高倩發(fā)表多組學(xué)建模策略用于改善彌漫大B細(xì)胞淋巴瘤預(yù)后指標(biāo)
彌漫大B細(xì)胞淋巴瘤DLBCL患者的預(yù)后呈現(xiàn)異質(zhì)性，臨床上常使用國際預(yù)后指數(shù)IPI識別高風(fēng)險(xiǎn)患者，但其效果并不盡人意。在過去的近20年里有學(xué)者試圖通過構(gòu)建基于mRNA或lncRNA的分子信號來改善IPI的預(yù)后預(yù)測能力，但效果并不明顯。針對此問題，山西醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)教研室博士生高倩及課題組整合了mRNA和lncRNA的基因信號構(gòu)建預(yù)后模型以改善IPI的預(yù)測能力。
該研究首先通過重注釋從全基因表達(dá)譜中識別出mRNA和lncRNA，隨后考慮到高維數(shù)據(jù)的復(fù)雜性和懲罰類方法的不穩(wěn)定性，同時為了提高結(jié)果的可重復(fù)性，課題組通過擾動模型中的調(diào)整參數(shù)，并結(jié)合三種懲罰回歸方法提出了一種穩(wěn)健的分析策略，將其應(yīng)用到DLBCL患者的基因表達(dá)譜中構(gòu)建了一個包含9個mRNA和2個lnCRNA的多基因風(fēng)險(xiǎn)得分（multigene risk score, MGRS）。MGRS是獨(dú)立的風(fēng)險(xiǎn)因素，且從discrimination、calibration和clinical usefulness角度評估發(fā)現(xiàn)MGRS可明顯改善IPI的預(yù)測準(zhǔn)確度。此外，功能分析還發(fā)現(xiàn)MGRS與細(xì)胞周期，DNA復(fù)制和修復(fù)有關(guān)。這些結(jié)果表明這一統(tǒng)計(jì)分析策略的有效性，這為從全基因轉(zhuǎn)錄譜中識別出腫瘤預(yù)后分子信號提供了一種新的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析工具。
2020年11月，此工作以題為“Transcriptome profiling reveals an integrated mRNA–lncRNAsignature with predictive value for long-term survival in diffuselarge B-cell lymphoma”的研究論文在中科院2區(qū)期刊《Aging-US》上發(fā)表。該研究提出了一種穩(wěn)健的統(tǒng)計(jì)分析策略來整合mRNA和lncRNA數(shù)據(jù)構(gòu)建多基因預(yù)后指標(biāo)，并將其應(yīng)用到了DLBCL的預(yù)后分析中，多數(shù)據(jù)集多方驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)多基因預(yù)后指標(biāo)可明顯改善現(xiàn)有公認(rèn)臨床預(yù)后指標(biāo)IPI的預(yù)測準(zhǔn)確性，通信作者王彤教授。
